La Struttura di PoliEFUN, sancita dallo Statuto, è basata sui poteri decisionali dell'Assemblea annuale dei Soci. Gli organi direttivi di PoliEFUN sono: il Consiglio Direttivo, eletto dall'Assemblea ogni 3 anni, ed il Comitato Tecnico Scientifico.

La rappresentatività dell'Ente è garantita da un Presidente, da un Vice-Presidente e da un Direttore a cui sono affidati compiti organizzativi ed istituzionali. E' istituito infine un Collegio dei Revisori dei Conti.